Oltár
Oltár je dominantou celého chrámu. Pochádza z r. 1865 a zhotovený je v klasicistickom slohu. Plán na jeho výstavbu vyhotovili stavitelia Béla Gerster a Frey. Z dreva ho postavil peštiansky staviteľ Ján Maršalko. Pôvodný oltár prešovských evanjelikov nahradili v r. 1673 jezuiti, ktorým bol kostol rok predtým pridelený, spravovali ho ako tzv. školský kostol. Ich oltár bol posvätený Panne Márii. V nasledujúcich rokoch dali postaviť bočné oltáre rádových svätcov – sv. Ignáca z Loyoly (1491-1556), ktorý bol zakladateľom jezuitského rádu, a oltár sv. Františka Xaverského (1506-1552), misionára v Indii. V roku 1696 dali postaviť oltár rádu Altare Christi crucifixi et Dolorosae Beatae Mariae Virginis (v preklade: Oltár ukrižovaného Krista a Bolestnej Panny Márie), v roku 1731 ešte ďalšie štyri oltáre.
Evanjelická cirkev, ktorá kostol v r. 1783 zakúpila, urobila v nasledujúcich rokoch vnútorné úpravy chrámu. A tie sa týkali aj oltárov. Hlavný oltár a bočné oltáre boli odstránené, pertože mesto po zrušení jezuitského rádu pôvodne počítalo s iným využitím kostola (ako sklad vojenského materiálu a zbraní). Evanjelici, ktorí dostali kostol opäť do užívania, našli ho prázdny. Preto preniesli do vráteného chrámu vnútorné zariadenie z dreveného kostola, ktorý ako náhradu postavili v r.1715 za mestskými hradbami na dnešnej ulici Tarasa Ševčenka. Doniesli aj oltár, krstiteľnicu a kazateľnicu, ktoré však svojimi rozmermi v tomto chráme nevyhovovali. Preto ďalšie úpravy sledovali skrášlenie chrámu a dotvárali ho do dnešnej podoby.
Na oltári jej dominantný obraz s biblickým námetom Ježiš so Samaritánkou (Jn 4, 1-30). Namaľoval ho Karol Brocký (1807-1855), dvorný maliar britskej kráľovnej Viktórie. Karol Brocký, rodák z Temešváru (Timisoara), ho v r. 1845-1846 namaľoval na prosbu svojho priateľa a prešovského farára Mórica Kolbenheyera a z Londýna ho poslal loďou cez Hamburg a Viedeň do Šopronu (Sopron) a odtiaľ do Prešov. Obraz bol na vrchu rovno ukončený, ale keďže rám na obraze v novom oltári bol hore oblúkovitý, museli túto časť obrazu doplniť maľbou stromu. Brockého obraz vyvolal potrebu nového oltára. Ten bol dokončený a posvätený v januári 1865.
13. mája 1913 oltár a obraz poškodil požiar. Oltár už r. 1914 opravili, ale nahradenie obrazu trvalo oveľa dlhšie. Na jeho mieste bolo 9 rokov len sivé súkno a čierny kríž. Na úlohu namaľovať nový obraz, ktorý by bol rovnaký ako obraz Brockého, sa podujali v r. 1922 maliari Mikuláš Jordán (1892-1972) a Ernest Rákoši (1881-1973). Obraz namaľovali podľa fotografie a farebne ho zladili podľa staršej kópie, urobenej košickým umelcom Vojtechom Klimkovičom. Roku 1924 bol obraz dokončený a vsadený do oltárneho rámu. Posvätil ho senior Matej Slabej.
Nad obrazom je v kruhovom medailóne stvárnený Baránok ležiaci na čiernej knihe, z ktorej vyžarujú zlaté lúče. Baránok symbolizuje nevinnosť Ježiša Krista a kniha s lúčmi zas jeho učenie – evanjelium. Navrchu oltára je veľký biely kríž.
Stally
Stally sa nachádzajú v sanktuáriu po bokoch oltára. Sú to drevené neskorobarokové lavice z poslednej tretiny 18. st. Sú jednosedadlové s baldachýnom, ktorý je zdobený akantom (bodliakovitou rastlinou s dekoratívne členenými listami) a girlandami kvetov.
Neskororenesančné štvorsedadlové lavice sú z konca 17. st. Majú parapet členený masívnymi pilastrami (dekoratívnou podporou). Povrch je zdobený maľovanými kvetmi.
Kazateľnica
Kazateľnica pochádza z r. 1876. Predchádzajúca bola menšia, zakúpená z kostola vo Veľkej Lomnici. Na vonkajšej strane zábradlia súčasnej kazateľnice sú reliéfy evanjelistov. Na vnútornej strane striešky je zobrazený Duch Svätý v podobe holubice.
Vo vnútri kostola hneď vedľa kazateľnice je pamätná doska so symbolmi mreží, okov, reťaze, vtáka a signatúrou Ž 124, V7 (je to žalm v znení: Ako vtáča unikla naša duša z osídla vtáčnikom; osídlo sa roztrhlo a my sme unikli). Ide o pamätnú tabuľu evanjelického farára Mateja Bahila (Bahyl, 1706-1761), ktorý bol v rokoch 1734-1746 farárom v Prešove. Z nemčiny preložil polemické knihy proti súvekému katolicizmu, do ktorých napísal vlastný úvod. Za vydanie týchto kníh bol prenasledovaný a 28.11.1746 v Prešove uväznený. Z väzenia sa mu podarilo utiecť a cez Poľsko sa dostal do Nemecka. Bol farárom v Ammsfelde a Arnsdorfe a na sklonku života v Prochowiciach v Poľsku, kde aj zomrel. Svoje zážitky z prenasledovania a úteku opísal v knihe Presmutné vyobrazenie protestantských cirkví v Uhorsku, so slzami v očiach vyzývajúce všetkých spoludruhov k vyznaniu. Kniha bola napísaná v latinčine, ale často prekladaná do viacerých jazykov. Text na pamätnej tabuli znie:
V tomto zbore pracoval a trpel pre kráľovstvo Božie v r. 1734-1746 Matej Bahyl 24.II.1706 +24.XII.1761. Neboj sa toho, čo máš trpieť. Zjav. 3,10.
Krstiteľnica
Krstiteľnica je z r. 1859, venoval ju Jozef Benczur s manželkou. Drevorezba je zdobená akantom. V kupe je vložená cínová misa. Do Chrámu Sv. Trojice bola prinesená z dreveného kostola. Po vnútornom okraji cínovej misy je ozdobným písmom napísaný text datovaný rokom 1714:
Ich bin ein Sünderkind vom Mutterleibe an, ist nichts das mich der Sehligkeit versichern kann. Drub Jesu wasche mich mit deinem teuerem Blut mach meine Sündenschud und Verdamniss gut. Samuel Thützenthaler. Susana Thützenthalerein, Geborne Heydenreichen
V preklade: Ja som hriešne dieťa z tela matky, nič mi nemôže zaistiť spásu. Preto, Ježiši, obmy ma svojou drahou krvou, zbav ma viny môjho hriechu a zatratenia. Samuel Thützenthaler. Susana Thützenthalerová, rodená Heydenreichenová.
Mená patria pravdepodobne darcom cínovej misy.
Organ
Organ postavili v rokoch 1642-1647. Prešovský senátor Samuel Steller ho dal v r. 1787, štyri roky po tom, ako evanjelická cirkev chrám odkúpila od eráru, zrekonštruovať, pozlátiť a doplniť o barokovú výzdobu. Túto prácu v apríli 1787 dokončil Jozef Borovetzki. V r. 1813 bol čistením a opravou poverený Franz Gatto z Rakúska, v r. 1862-1864 Jozef Reiszmayer. Po požiari v r. 1913 bol v r. 1914 nanovo urobený, aj s motorom na elektrický pohon.
Dôkladná očista bola urobená v roku 1947, potom v r. 1980-1981 a nakoniec v r.oku 1997. Dnes má organ 1530 veľkých a malých píšťal, ktoré zvukovou kulisou vynikajúco dotvárajú evanjelické bohoslužby. Patrí medzi najkrajšie barokové pamiatky Prešova. Posledná veľká rekonštrukcia organu s jeho vyladením sa vyhonala v r. 1997 za účinkovania farára ev. zboru Jána Bakalára.
Na vrchole organu je plastika židovského kráľa Dávida (1012-972 pr. Kr.), hrajúceho na harfe. Dávid bol umelcami znázorňovaný väčšinou s harfou, lebo podľa Starého zákona /1S 16,21-23/ ešte ako zbrojnoš kráľa Saula mu svojou hrou odháňal zlú nál