V júli 1642 bol položený základný kameň kostola a o päť rokov neskôr, v júni 1647, bol kostol odovzdaný do úžívania. Vznikla tak na Slovensku ojedinelá renesančná stavba kostola s jednoloďovou dispozíciou, trojbokým záverom, dvoma chórmi po oboch stranách lode a s organovou emporou (priestor nesený klenbou) v severnej časti. Kostol má dva vchody, hlavný vchod zo severnej strany (od Kolégia) a bočný zo západnej strany.

Stavbu kostola pripomína latinský text, ktorý sa nachádza v chráme na ľavej strane hlavného vchodu. Opis je umiestnený nad hlavným portálom na vonkajšej strane chrámu:

ANNO MDCXLII DIE PRIMA MAY TEMPLUM HOC IN HONOREM S:S: TRINITATIS SUMTIBUS REGIAE AC LIBERAE CIVITATIS EPERIES JUDICE NOBILE DANIELE LENGFELNER, AEDILIEUSQUE VERO NOBILE ADAMO CZIMMERMANN ITIDEM CIRCUMSPECTO DANIELE SCHNEIDER EST FUNDATUM ET FELICITER DIE XV JUNI MDCXLVII CONTINUATUM

V preklade: Dňa 1. mája 1642 bol tento kostol založený ku cti Najsvätejšej Trojice, na trovy kráľovského slobodného mesta Prešova. Za richtárstva šľachetného Daniela Lengfelnera, za dozoru šľachetného Adama Czimmermanna a starostlivého Daniela Schneidera šťastlivo dokončený dňa 15. júna 1647.

Vonkajší vzhľad chrámu sa počas jeho existencie výrazne nemenil. ediným väčším zásahom bolo v r. 1716 prepojenie severnej empory chrámu s budovou Kolégia, a to klenutou zastrešenou chodbou. Ňou sa dalo prechádzať z Kolégia do chrámu. Táto stavebná úprava sa udiala v období, keď kostol vlastnili jezuiti. V tomto roku dostali jezuiti povolenie postaviť okolo Kolégia a kostola múr a vytvoriť si tak skutočnú rezidenciu. Po návrate kostola do rúk evanjelickej cirkvi na konci 18. st. boli chodba i múr počas prestavby Kolégia v roku 1867 zbúrané a kostol nadobudol svoju pôvodnú podobu.

Jezuiti v roku 1728 vymenili pôvodné drevené zábradlie na chóroch za murované.

Kostol počas jeho existencie niekoľkokrát zasiahli ničivé udalosti, no vzápätí bol opravovaný. O jednom z takýchto reštaurátorských zásahov vypovedá aj latinský nápis z roku 1850. Týka sa opravy hlavnej brány:

Nápis z r. 1850, pripomínajúci rekonštrukciu vstupného portálu

porta haeC, anno lvblLael seMlsCVLarls pastorls sChWarzll plo sensV eCCleslae eVangeLICae eperlesslensls lnstaVrata

V preklade: Táto brána bola reštaurovaná v jubilejnom roku, za účinkovania pastora Schwarza v evanjelickej cirkvi prešovskej.

Ďalšie obnovovacie práce na kostole sa uskutočnili počas pôsobenia kňaza Johanna Stehla (1824-1912), ktorý bol v r. 1864-1895 seniorom Šarišsko-zemplínskeho seniorátu ev. a.v. cirkvi.

Za pôsobenia ev. farára L. Liptaia (1871-?) a Lajosa Draskóczyho bol v r. 1905 kostol dôkladne renovovaný: vymaľovaný, múry vysušené, chrámové steny vo vnútri do výšky oblokov dostali drevené obloženie, okná sklenené tvárnice, podlaha keramickú dlažbu. Všetky tieto práce stáli 16.719 korún.

Požiar dňa 13.5.1913 zničil oltár s oltárnym obrazom, dym poškodil veľkú časť kostolnej maľby, v