V júli 1642 bol položený základný kameň kostola a o päť rokov neskôr, v júni 1647, bol kostol odovzdaný do úžívania. Vznikla tak na Slovensku ojedinelá renesančná stavba kostola s jednoloďovou dispozíciou, trojbokým záverom, dvoma chórmi po oboch stranách lode a s organovou emporou (priestor nesený klenbou) v severnej časti. Kostol má dva vchody, hlavný vchod zo severnej strany (od Kolégia) a bočný zo západnej strany.
Stavbu kostola pripomína latinský text, ktorý sa nachádza v chráme na ľavej strane hlavného vchodu. Opis je umiestnený nad hlavným portálom na vonkajšej strane chrámu:
ANNO MDCXLII DIE PRIMA MAY TEMPLUM HOC IN HONOREM S:S: TRINITATIS SUMTIBUS REGIAE AC LIBERAE CIVITATIS EPERIES JUDICE NOBILE DANIELE LENGFELNER, AEDILIEUSQUE VERO NOBILE ADAMO CZIMMERMANN ITIDEM CIRCUMSPECTO DANIELE SCHNEIDER EST FUNDATUM ET FELICITER DIE XV JUNI MDCXLVII CONTINUATUM
V preklade: Dňa 1. mája 1642 bol tento kostol založený ku cti Najsvätejšej Trojice, na trovy kráľovského slobodného mesta Prešova. Za richtárstva šľachetného Daniela Lengfelnera, za dozoru šľachetného Adama Czimmermanna a starostlivého Daniela Schneidera šťastlivo dokončený dňa 15. júna 1647.
