V Prešove sa začalo formovať po prijatí Lutherovej reformácie (1531) najskôr v oblasti základného školstva – Prešovská mestská škola. Pôsobili na nej viaceré významné osobnosti svojej doby: Lukáš Fabinus-Popradský (?-1586), autor diela Exempla declinationum et conjugationum (Príklady skloňovania a časovania) z roku 1573; Ján Bocatius (1568-1621), autor viacerých literárnych diel; Samuel Dürner (1614-1653); a Ján Mathaeides (?-1654), ktorý zaviedol vyučovanie podľa Komenského zásad.

V 17. storočí sa prešovská mestská škola zásluhou jej učiteľov menila na päťtriedne lýceum. Filozofické práce trojice tunajších profesorov boli natoľko významné, že sa pre nich zaužívalo špeciálne označenie Prešovská filozofická škola. Boli to Ján Bayer (1630-1674), Izák Caban (1632-1707) a Eliáš Ladiver (1633-1686).

Ján Bayer vypracoval návrh na zriadenie sedemtriedneho lýcea, v najvyššej triede s trojročnou výukou filozofie, teológie a matematiky. Keď nebol jeho návrh prijatý, opäť z jeho podnetu bo