1. Reformácia: 1520-1670
Začiatky reformácie: 1520 – 1531
Martin Luther (1483-1546), nemecký reformátor a zakladateľ nemeckého protestantizmu, dňa 31.10.1517 pribil na dvere chrámu vo Wittenbergu 95 téz, ktorými vyzýval na diskusiu o niektorých cirkevných otázkach, najmä o odpustkoch a ich zmysle. Odmietol pápežský primát v kresťanskom svete a za jediný zdroj viery označil Bibliu.
Jeho vystúpenie malo v Nemecku veľký ohlas a veľmi rýchlo sa rozšírilo aj do ostatných krajín Európy. Preniklo aj do Uhorska a získalo si prívržencov aj v Prešove, kde bolo známe už pred rokom 1525.
Príčin rýchleho rozšírenia reformácie v Prešove bolo viacero, medzi nimi napríklad nespokojné nižšie kňazstvo a zemianstvo, mestá a kraje, v ktorých malo nemecké obyvateľstvo silnú pozíciu a intenzívne obchodné a hospodárske styky s Nemeckom. Dôležitú úlohu hralo niekdajšie husitské – bratrícke hnutie, ktoré v rokoch 1433 – 1467 pod velením Jána Jiskru z Brandýsa (Matiáš I. ho vymenoval za dedičného hlavného župana Šariša) bolo na Východnom Slovensku silným politickým i národným faktorom.
Udomácnenie reformácie: 1531 – 1610
Prešovčania úplne prijali Lutherovo učenie v roku 1531, kedy sa celé mesto stalo evanjelickým a s ním aj všetky prešovské chrámy. Chrám sv. Mikuláša pripadol prešovským nemeckým evanjelikom augsburského vyznania a patril im až do r. 1671.
Mestskí katolícki kňazi Anton Transylvanius a Bartolomej Bogner opustili katolícku cirkev a spolu s veriacimi sa prihlásili k evanjelickému vierovyznaniu. Počas nasledujúcich štrnástich desaťročí (do r. 1671) neexistovala na pôde mesta iná cirkev ako evanjelická augsburského vyznania.
Od začiatku reformácie až do rozdelenia zborov v r.1711 pôsobil v Prešove jednotný cirkevný zbor. Na jeho čele bol plebán, neskôr farár (Pfarrer, Pastor), ktorý v hodnosti bol prvý – primarius, druhý farár bol kazateľ (Prediger) alebo diakon. Keďže zásadou reformácie bolo služby Božie odbavovať v jazyku veriacich, miesto kaplánov dostali maďarskí a slovenskí veriaci zvlášť – čiže zvlášť maďarského a zvlášť slovenského kazateľa.
Prešovská synoda: 1546
Slobodné kráľovské mestá Bardejov, Košice, Levoča, Prešov a Sabinov ešte pred reformáciou vytvorili združenie na ochranu svojich práv, najmä hospodárskych záujmov, známe pod názvom Pentapolitana, t.j. Päťmestie. Do kompetencie Pentapolitany patrili aj cirkevné záležitosti a zbory boli podriadené seniorovi alebo archidiakonovi.
Prešov hral od začiatku reformačného hnutia významnú úlohu v utváraní cirkevného zriadenia. Dňa 2. novembra 1546 sa Prešov stal miestom dôležitej udalosti, prvej svojho druhu u nás – miestom zasadnutia Prešovskej synody, na ktorej sa mestá Pentapolitany organizačne zjednotili v prvom senioráte na území dnešného Slovenska. Prvým seniorom sa stal Michal Radašin, bardejovský farár.
Synoda formulovala v 16-tich článkoch kánonu základné a zásadné pravidlá cirkevného poriadku v duchu reformačného učenia. Kánony sa opierajú o Augsburské vierovyznanie a Melanchtonove Loci communes (Všeobecné zásady) a týkajú sa dôležitých a zásadných otázok cirkevnej správy a cirkevného učenia.
Confessio Pentapolitana: 1549
Ako reakciu na výzvu komisárov vyslaných krajinským snemom z roku 1548 a z obavy aby evanjelikov nepovažovali za stúpencov nezákonného učenia, poverilo Päťmestie na podnet Prešovčanov Leonarda Stockela, aby pripravil ich spoločné vierovyznanie. Stockel v spolupráci s Martinom Cyriakom zostavil vierovyznanie, tzv. Confessio Pentapolitana, ktorú Päťmestie prijalo a podpísalo v roku 1548.
Confessio Pentapolitana dôsledne spočíva na reformačnom, evanjelickom učení a opiera sa aj o kánony Prešovskej synody z r. 1546. Confessio Pentapolitana bola r. 1549 predložená kráľovskej komisii, ňou priaznivo prijatá a predostretá na schválenie Ferdinandovi I., ktorý ju vzal na vedomie.
Confessiou Petapolitanou sa Päťmestie dostalo do úzkeho spojenectva a stala sa základom seniorátu (superintendencie), piatich slobodných miest. Prvým seniorom ostal Michal Radašin, vyvolený ešte na Prešovskej synode. Kladom vierovyznania bolo, že zabezpečilo mestám na istý čas pokoj. Napokon Confessia Pentapolitana sa stala vzorom vierovyznania banských miest, tzv. Confessie Heptapolitany, a Spiša, tzv. Confessie Scepusiany.
Zavŕšenie cirkevného zriadenia: 1610 – 1670
Cirkevné zriadenie na úrovni superintendencií sa začalo vytvárať po Žilinskej synode v roku 1610, ktorú zvolal palatín Juraj Thurzo. Synoda uzákonila 16 kánonov o zásadných povinnostiach a právach cirkevných predstaviteľov – superintendentov, dozorcov, seniorov, farárov, ďalej otázky vierouky, školskej výchovy, služieb Božích, cirkevných funkcií a pod. Synoda vytvorila 3 superintendencie a zároveň zvolila superintendentov. Územie troch superintendencií tvorilo dnešný západný dištrikt.
Situácia okolo usporiadania spišsko-šarišskej synody bola zložitejšia, a to pre rozpory medzi troma fraternitami (bratstvá, čiže senioráty: spišská fraternita 24 miest, fraternita piatich slob. kráľ. miest a šarišská fraternita) a vzhľadom na veľký počet veriacich. Synoda sa konala až 22. a 23. januára 1614 v Spišskom Podhradí.
Synoda prijala synodálne kánony o 16–tich článkoch, ktoré sa týkajú – podobne ako žilinské kánony – vieroučných a správnych otázok, právomoci superintendentov, seniorov, farárov a učiteľov a pod. Celkove sa zhodujú kánony so žilinskými, s niektorými odchýlkami, ktoré si vyžiadali miestne pomery, resp. niektoré ustanovenia sú spresnené.
Výsledkom zložitých rokovaní bolo zriadenie dvoch superintendencií. V úvode k uzneseniam sa výslovne uvádza, že na Spiši a v Šariši, resp. v piatich slob. kráľ. mestách bolo toľko evanjelikov, že sa ukázala nutnosť vytvoriť dve superintendencie: Superintendenciu piatich slob. kráľ. miest – za superintendenta bol zvolený Peter Zabler, levočský farár a senior 24 miest spišskej fraternity a druhú superintendenciu ktorú tvorili ostatné zbory Spišskej a Šarišskej župy – superintendantom sa stal Štefan Xylander (Holzmann), farár spišskopodhradský.
Roku 1668 pristúpil do zväzku mestskej superintendencie Kežmarok, a tak sa zmenila superintendencia na šesť slob. kráľ. miest.
2. Protireformácia: 1670 – 1781
Prvé odobratie kostolov: 1673 – 1682
8. marca 1673 vtiahol do mesta gróf Ferdinand Volkra v sprievode Leonarda Szegedyho. Dňa 9. marca popoludní o tretej hod. odobral evanjelikom všetky tri kostoly a Kolégium (iný prameň uvádza 10. marec v noci za svitu fakieľ). Farský kostol nemecký prevzal Juraj Horváth, jágerský kanoník ako mestský plebán, slovenský kostol dostali minoriti a maďarský jezuiti. Farári a učitelia museli opustiť mesto. Po odňatí kostolov ostali evanjelici 9 rokov bez kostola a školy.
Roku 1678 povstal proti Habsburgovcom Imrich Thököly. Mesto po smutných skúsenostiach sa pridalo na jeho stranu. Roku 1682 dobyl Thököly mesto a ako bývalý študent Kolégia, vrátil evanjelikom kostol a kolégium.
Druhé odobratie kostolov: 1687 – 1705
Pádom Thökölyho r.1685 stratili evanjelici opäť kostoly a školu. Leopold I. na základe rozhodnutia šopronského krajinskéh