V Prešove sa začalo formovať po prijatí Lutherovej reformácie (1531) najskôr v oblasti základného školstva – Prešovská mestská škola. Pôsobili na nej viaceré významné osobnosti svojej doby: Lukáš Fabinus-Popradský (?-1586), autor diela Exempla declinationum et conjugationum (Príklady skloňovania a časovania) z roku 1573; Ján Bocatius (1568-1621), autor viacerých literárnych diel; Samuel Dürner (1614-1653); a Ján Mathaeides (?-1654), ktorý zaviedol vyučovanie podľa Komenského zásad.
V 17. storočí sa prešovská mestská škola zásluhou jej učiteľov menila na päťtriedne lýceum. Filozofické práce trojice tunajších profesorov boli natoľko významné, že sa pre nich zaužívalo špeciálne označenie Prešovská filozofická škola. Boli to Ján Bayer (1630-1674), Izák Caban (1632-1707) a Eliáš Ladiver (1633-1686).
Ján Bayer vypracoval návrh na zriadenie sedemtriedneho lýcea, v najvyššej triede s trojročnou výukou filozofie, teológie a matematiky. Keď nebol jeho návrh prijatý, opäť z jeho podnetu bolo v roku 1667 založené Kolégium ako desaťtriedne gymnázium. Jeho rektorom sa stal Samuel Pomarius (1624-1683).
Kolégium bolo po obsadení Prešova habsburským vojskom v r. 1673 odovzdané jezuitom. Ako evanjelické bolo obnovené r. 1682 a jeho rektorom sa stal Eliáš Ladiver. Roku 1684 bol za prednášateľa rétoriky pozvaný Ján Rezik, autor Gymnasiologie. Roku 1687 bolo Kolégium zrušené a obnovené až v r. 1705 počas povstania Františka II. Rákócziho. Existovalo však len do r. 1711, kedy bolo vdovou po kráľovi Jozefovi I. Eleonórou Magdalénou zrušené. Obnovené bolo až na konci 18. storočia.
Významné zmeny nastali v Kolégiu v 19. storočí. Po r. 1850 bolo na Kolégiu zriadené 8-triedne gymnázium, z 9. a 10. triedy vznikol právnický a teologický kurz. Z nich sa vyvinula právnická akadémia a teologická akadémia. okrem nich bol na Kolégiu od roku 1873 aj učiteľský ústav. Po vzniku ČSR (1918) bola právnická akadémia premiestnená do Miskolca a teologická akadémia zanikla.
Učiteľský ústav Kolégia bol v roku 1919 premenovaný na Slovenský učiteľský ústav ev. a. v. Kolégia Východného dištriktu v Prešove a v roku 1924 bol poštátnený.
Aby sa odstránil nedostatok evanjelického cirkevného školstva, zaviedli znova v rokoch 1935-1938 Jednoročný abiturienstsky kurz učiteľský pri Slovenskom ev. kolegiálnom gymnáziu.
Po roku 1918 sa udržalo len gymnázium pod názvom Kolegiálne gymnázium ev. a. v. (http://www.ekgym.sk), ktoré sa ešte v roku 1912 presťahovalo do novej budovy na terajšom Námestí legionárov č.3. Gymnázium bolo v roku 1945 poštátnené. Ako cirkevné bolo obnovené až v školskom roku 1996/1997.
Pre výchovu dievčat – budúcich učiteliek materských škôl, mali evanjelici Vyššiu dievčenskú školu v budove dnešnej evanjelickej fary na Svätoplukovej ulici č.11.
Internát evanjelického Kolégia z roku 1906 bol na Jarkovej ulici č.12 s oddeleniami pre chlapcov a dievčatá. Pôvodne bol postavený pre poslucháčov evanjelickej teológie. Všetky cirkevné internáty v meste, vrátane evanjelického, boli poštátnené po roku 1948.
Zdroj: Sprievodca po sakrálnych pamiatkach a cirkevnom živote Prešova,
Universum Prešov, 1999, ISBN 80-967753-4-0
