Už v prvej polovici 19. storočia bolo v Prešove výraznejšie úsilie zriadiť v meste biskupstvo ev.a.v. cirkvi. Vyplývalo to zo silného zázemia, ktoré evanjelická cirkev v meste mala, a to aj vďaka Kolégiu a tomu, že už v minulosti zastávali niektorí prešovskí farári funkciu superintendenta. Tá sa rovnala hodnosti biskupa. Boli to Johann Schwarz (superintendent 1709-1729), Johann Michael Schwarz odmietol funkciu superintendenta kvôli vysokému veku, Gregor Fabri (superintendent 1774-1779), Samuel Nicolai (superintendent 1792-1807).
Prešov sa stal prvýkrát sídlom biskupstva Východného dištriktu Evanjelickej a.v. cirkvi v rokoch 1930-1945, keď bol biskupom Vladimír P. Čobrda (1880-1969), druhýkrát v r. 1994, keď sa stal biskupom Ján Midriak (1929). Sídlom ev.a.v. biskupstva bola v r. 1930-1945 budova Kolégia, potom v r. 1994-1998 budova zborového domu ev. a.v. cirkvi a po rekonštrukcii vnútorných priestorov Kolégia sa jeho budova na jar 1998 stala opäť sídlom evanjelického biskupstva.
