V júli 1642 bol položený základný kameň kostola a o päť rokov neskôr, v júni 1647, bol kostol odovzdaný do úžívania. Vznikla tak na Slovensku ojedinelá renesančná stavba kostola s jednoloďovou dispozíciou, trojbokým záverom, dvoma chórmi po oboch stranách lode a s organovou emporou (priestor nesený klenbou) v severnej časti. Kostol má dva vchody, hlavný vchod zo severnej strany (od Kolégia) a bočný zo západnej strany.

Stavbu kostola pripomína latinský text, ktorý sa nachádza v chráme na ľavej strane hlavného vchodu. Opis je umiestnený nad hlavným portálom na vonkajšej strane chrámu:

ANNO MDCXLII DIE PRIMA MAY TEMPLUM HOC IN HONOREM S:S: TRINITATIS SUMTIBUS REGIAE AC LIBERAE CIVITATIS EPERIES JUDICE NOBILE DANIELE LENGFELNER, AEDILIEUSQUE VERO NOBILE ADAMO CZIMMERMANN ITIDEM CIRCUMSPECTO DANIELE SCHNEIDER EST FUNDATUM ET FELICITER DIE XV JUNI MDCXLVII CONTINUATUM

V preklade: Dňa 1. mája 1642 bol tento kostol založený ku cti Najsvätejšej Trojice, na trovy kráľovského slobodného mesta Prešova. Za richtárstva šľachetného Daniela Lengfelnera, za dozoru šľachetného Adama Czimmermanna a starostlivého Daniela Schneidera šťastlivo dokončený dňa 15. júna 1647.

Vonkajší vzhľad chrámu sa počas jeho existencie výrazne nemenil. ediným väčším zásahom bolo v r. 1716 prepojenie severnej empory chrámu s budovou Kolégia, a to klenutou zastrešenou chodbou. Ňou sa dalo prechádzať z Kolégia do chrámu. Táto stavebná úprava sa udiala v období, keď kostol vlastnili jezuiti. V tomto roku dostali jezuiti povolenie postaviť okolo Kolégia a kostola múr a vytvoriť si tak skutočnú rezidenciu. Po návrate kostola do rúk evanjelickej cirkvi na konci 18. st. boli chodba i múr počas prestavby Kolégia v roku 1867 zbúrané a kostol nadobudol svoju pôvodnú podobu.

Jezuiti v roku 1728 vymenili pôvodné drevené zábradlie na chóroch za murované.

Kostol počas jeho existencie niekoľkokrát zasiahli ničivé udalosti, no vzápätí bol opravovaný. O jednom z takýchto reštaurátorských zásahov vypovedá aj latinský nápis z roku 1850. Týka sa opravy hlavnej brány:

porta haeC, anno lvblLael seMlsCVLarls pastorls sChWarzll plo sensV eCCleslae eVangeLICae eperlesslensls lnstaVrata

V preklade: Táto brána bola reštaurovaná v jubilejnom roku, za účinkovania pastora Schwarza v evanjelickej cirkvi prešovskej.

Ďalšie obnovovacie práce na kostole sa uskutočnili počas pôsobenia kňaza Johanna Stehla (1824-1912), ktorý bol v r. 1864-1895 seniorom Šarišsko-zemplínskeho seniorátu ev. a.v. cirkvi.

Za pôsobenia ev. farára L. Liptaia (1871-?) a Lajosa Draskóczyho bol v r. 1905 kostol dôkladne renovovaný: vymaľovaný, múry vysušené, chrámové steny vo vnútri do výšky oblokov dostali drevené obloženie, okná sklenené tvárnice, podlaha keramickú dlažbu. Všetky tieto práce stáli 16.719 korún.

Požiar dňa 13.5.1913 zničil oltár s oltárnym obrazom, dym poškodil veľkú časť kostolnej maľby, vysoká teplota znehodnotila organ. Na úhradu reštaurátorských nákladov sa usporiadala nielen miestna, ale so súhlasom Ministerstva vnútra aj krajinská zbierka. Reštaurátorské práce stáli 28.148 korún. Obnovený kostol prevzali 6.12.1914 obaja zboroví farári v rámci slávnostných služieb Božích.

Doteraz posledná dôkladná obnova chrámu prebiehala v r. 1980-1982 pod vedením vtedajšieho ev. a.v. kňaza a seniora Jána Midiraka (bývalého biskupa Východného dištriktu evanjelickej a.v. cirkvi).

Zdroj: Sprievodca po sakrálnych pamiatkach a cirkevnom živote Prešova,
Universum Prešov, 1999, ISBN 80-967753-4-0